一、養分含量低

內蒙古有機肥養分含量低，存在供應不平衡的問題，不能滿足植物整個生長季的需要。在施用有機肥時應根據植物對養分的要求配施不同比例化肥，做到平衡施肥。

二、肥效遲緩

內蒙古有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足植物對營養元素的需要。因此，要利用化肥養分含量高，肥效迅速的優點，將有機肥與化肥配合施用，緩急相濟，取長補短，發揮混合優勢。

三、須經過發酵處理

許多(糞)有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，還有些有機肥料中含有不利於作物生長的有機化合物，所以，有機肥經過高質量發酵、加工處理後才能施用，生糞能下地。後果慘重!

四、不是越多越好

如果有機肥的用量太多，不僅是一種浪費，而且也可造成土壤障礙，影響植物生長發育。

五、施用方法要得當

內蒙古有機肥應采用開溝條施或挖坑穴施，進行集中施肥，施後及時覆土;若采用撒施，施後應翻入土壤。或者做底肥，將有機肥與化肥混合施用，效果更佳。

六、不宜與堿性肥料混用

腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混合，會造成氨的揮發，降低有機肥肥效。